El laboratorio de anatomía patológica es un servicio médico especializado que se encarga de recibir muestras histológicas para ser procesadas y analizadas por profesionales altamente calificados para ello y así emitir un diagnóstico preciso, además de proveer una serie de variables que constituyen factores pronósticos y predictivos para el tratamiento de las diferentes enfermedades.

Su principal objetivo consiste en poder atender los requerimientos en cuanto a el análisis histopatológico de los diversos tejidos y la expresión en ellos de las diversas enfermedades que afectan al humano. Analizando muestras de tejidos o células aisladas (biopsias y citologías), y generando informes de gran importancia clínica, que ayudan a otros profesionales de la medicina a prescribir tratamientos, ya sean médicos o quirúrgicos. Su actividad se distribuye en varias áreas funcionales, bien definidas, aunque con frecuencia interconectadas:

Área de patología macroscópica

Corresponde al área donde se reciben, describen y seccionan los tejidos del paciente procedentes de una cirugía u otros procedimientos a fin de prepararlos para el examen microscópico. Los patólogos y técnicos efectúan la evaluación y el procesamiento inicial. La mayoría de los tejidos recibidos en el laboratorio se seccionan en pequeños trozos y se colocan en una solución de formalina para su fijación.

Área de congelación

Es el área donde el cirujano envía el tejido fresco tomado durante la cirugía para el diagnóstico inmediato por el patólogo. Esto sólo se realiza cuando el cirujano necesita obtener un diagnóstico inmediato, como ocurre en el cáncer. El tejido fresco se congela rápidamente y luego se secciona en secciones muy finas empleando un micrótomo. Las láminas de tejido se colocan en láminas de vidrio, se tiñen y son examinadas por un patólogo utilizando un microscopio, para ofrecer un diagnóstico rápido y oportuno.

Área de histología

Se refiere al área donde se realizan los procedimientos de rutina a partir del tejido fijado recibido del área de patología macroscópica. Los equipos automatizados procesan los tejidos fijados en varios fluidos antes de que un histotecnólogo incruste el tejido procesado en bloques de parafina o sustancias sintéticas semejantes. 

El histotecnólogo separa el tejido incrustado en parafina en secciones muy delgadas y casi transparentes utilizando un micrótomo. Las secciones muy delgadas de tejido se colocan sobre láminas de vidrio y se tiñen. Finalmente, las láminas se presentan al patólogo para su examen microscópico, diagnóstico y reporte.

Área de citología

Es el área donde los citotecnólogos preparan y examinan tejidos y fluidos corporales para detectar la presencia de células anormales como las células cancerosas. Luego el patólogo evalúa el espécimen y proporciona un diagnóstico final. 

Área de autopsias

Es el área donde se realizan las autopsias por el patólogo y auxiliar de patología, a solicitud de la familia o médico del paciente fallecido. Esta área suele estar junto a la morgue del hospital. 

El proceso de autopsia incluye una revisión de la historia clínica del paciente, un examen macroscópico de los órganos, un examen microscópico de muestras de tejido seleccionadas y una revisión de estudios especiales como la toxicología. Por último, el patólogo genera un informe exhaustivo con conclusiones sobre la causa de la muerte y los factores que contribuyeron a la misma.

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