Podemos enumerar una cantidad de aplicaciones de estos microscopios desde diferentes ámbitos, profesionales, médicos, investigativos, educativos; su función de captar imágenes además de poder grabar videos de la evolución de la muestra durante un espacio de tiempo, permite a los observadores explicar los distintos momentos de la muestra, permitiendo al usuario transmitir esta información a través de un computador a otras personas.
Dentro de los usos más restantes además de educar, permite obtener opiniones desde diferentes puntos de vista, ya sea médico o científico, gracias a su resolución óptima, funciones de video en tiempo real, grabar videos, y podemos llevar estas imágenes o video en una unidad USB y poder proyectarlas en cualquier computador.